Desenvolveu uma vasta obra marcada pela vertente naturalista inspirada na obra de Bernard Palissy e pelo contato que teve com as produções europeias das coleções do rei D. Fernando II, que o protegeu. Sendo atribuída a denominação de fornecedor da casa real, foi autorizado pelo rei para usar a coroa real nas marcas das suas peças de cerâmica.

O conhecimento obtido de artistas e obras do exterior levou o ceramista a introduzir novas técnicas, como a do musgado (aperto do barro através de um peneiro de rede fina, retirado do lado oposto com palheta ou canivete), assim como novas técnicas de policromia, sendo também da sua autoria e duas irmãs – Luísa e Mariana Gomes – a técnica da verguinha (entrelaçar de fios de barro em suporte de gesso).

As cerâmicas de Manuel Mafra distinguem-se pela decoração de ornamentos variados, aplicados e relevados, de grande realismo e com representações animalistas e vegetalistas, com destaque para macacos, leões, lagartos, cobras, rãs, borboletas, um grande sortido de frutos, bem como diversos elementos da fauna.

A obra de Manuel Mafra foi distinguida e premiada com medalhas em várias exposições internacionais.