Este programa, que é avaliado a nível nacional pela Comissão Nacional do Projeto e pela Associação Bandeira Azul da Europa (ABAE), tem o apoio, a nível internacional, da Fundação para a Educação Ambiental (FEE). O Programa Eco-Escolas envolve todas as turmas do colégio, tem o acompanhamento da professora coordenadora do programa, Vera Silva, e do Conselho Eco-Escola, assim como o apoio da Câmara Municipal de Caldas da Rainha.

No final do ano letivo este programa tem uma visibilidade e um reconhecimento com a candidatura e atribuição do Galardão Eco-Escolas, que consiste num Certificado e numa Bandeira. O Conselho Eco-Escola é a força motriz do projeto e deve assegurar a sua execução.

A 23 de maio foi realizado o último Conselho Eco-Escolas, tendo, nesse dia, sido apresentado o trabalho até então realizado e estabelecido o ponto de situação das ações a concretizar.

A 8 de junho comemorou-se o dia Eco-Escolas. Foram concretizadas algumas atividades que envolveram alunos das diferentes turmas do Colégio, a saber: afixação de lembretes visuais para sensibilizar para a poupança da água; distribuição de panfletos sobre insetos que promovem a agricultura biológica; plantar uma semente; construção de um forno solar; exposição de trabalhos realizados; Eco-Brigada entra em ação, entre outras.

Durante o mês de junho o Colégio terá de efetuar a candidatura ao Galardão da Bandeira Verde e terá de enviar o Eco-Código do Colégio a concurso.

O Colégio Frei Cristóvão pretende dar continuidade ao Programa Eco-Escolas, no próximo ano letivo.