Em 1580, iniciam-se as obras que, de modo determinante, dariam àquela Igreja um precursor cunho barroco (no resto da Europa, onde imperava o sistema político absolutista, esse importante período tem início, somente, por volta de 1600). Essa empreitada é dada por concluída aquando da instalação, em 1596, do púlpito em pedra lavrada, ornamentado por volutas e cartelas, ostentando na base um singular urnário para arrecadação de donativos.

Na segunda década do século XVII, por volta do final de 1622, necessitando de distintos reparos, foi encerrada à visitação pública. Sendo, nessa ocasião, agraciada com diversas modificações de vulto, especialmente no seu interior. Este, de uma só nave, achou-se revestido de azulejos amarelos e azuis, entre 1625 e 1630, recebendo, também, um relevante combo de talha maneirista constituído por cadeiral, tribuna dos mesários e retábulos.

É de destacar o painel da capela-mor, autenticado ao entalhador Manuel das Neves (Séc. XVII), sob traço de João da Costa (Séc. XVII), que sustenta duas belas telas de autoria de André Reinoso (1590?-1641): “A Visitação da Virgem a Santa Isabel” e “Pentecostes”, ambas datadas de 1628-1630. Admiravelmente talhados estão, também, os colaterais, de autoria do mestre Manuel das Neves, dourados por Belchior de Matos (1595-1628), e que acolhem as imagens de Nossa Senhora das Dores e do Senhor dos Passos, ambas coroadas com “Cristo a caminho do Calvário” e “O Descimento da Cruz”, óleos de André Reinoso.

Já o exterior receberia, no ano de 1623, as belas portas de madeira, que ainda ostenta, consumadas por um nicho com a representação d’“A Virgem com o Menino”, em cerâmica. Crê-se que a produção desta peça seja entre os anos de 1665 a 1680.

No século XVIII, a Igreja da Misericórdia recebe novos melhoramentos (sendo, inclusive, gravada na sua fachada a data 1744), entre eles está a instalação do escudo real no cimo do portal; e outro, análogo, sob o arco triunfal; além do adito da pintura que jaz acima deste. acrescentou-se, também, um conjunto de dois armários laterais na capela-mor; um soberbo cristo crucificado, de origem espanhola; as imagens: “A Virgem com o Menino”, “Santo António” e São José”.

A nave recebeu, igualmente, benefícios: Um novo acabamento no teto, incluindo um escudo com as armas reais ao centro; e uma laje tumular armoriada, onde estão depositados os restos mortais da sra. D. Luísa Ghera, Condessa de Ghera e de Cavaleiros (?-1748) e de seu marido D. Gregório Ferreira de Eça (Séc. XVIII), décimo-sexto senhor da Antiga Casa de Cavaleiros.

Devo referir aqui que, além das personalidades acima citadas, estão sepultados na Igreja da Misericórdia de Óbidos, o provedor e prior João Tinoco Vieira (Séc. XVII), o provedor e beneficiado Faustino das Neves (1615-1689), bem como diversos confrades, não identificados, do Divino Espírito Santo.

Anexo à igreja está o antigo Hospital da Misericórdia, sob tutela da Irmandade da Santa Casa, que ostenta uma belíssima Sala de Sessões, de opíparo ornato barroco.

A Igreja da Misericórdia é monumento nacional desde 1951.